Cargando paquetes y datos
Paquetes
library(raster)
library(udunits2)
library(sf)
library(spData)
library(leaflet)
library(dplyr)
Datos
## Capa cantones
cantones <- st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
## Capa provincias
provincias <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
##Datos orquídeas
orquideas <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
st_crs(orquideas) = 4326
##Datos Áreas Silvestres Protegidas
asp <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
st_crs(asp) = 4326
Eliminación de datos
Incertidumbre alta en coordinateUncertaintyInMeters
orquideas <-
orquideas %>%
mutate(coordinateUncertaintyInMeters = as.numeric
(coordinateUncertaintyInMeters))%>%
mutate(eventDate = as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"))
cat("Cantidad original de registros: ", nrow(orquideas))
## Cantidad original de registros: 29863
orquideas <-
orquideas %>%
filter(coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)
cat("Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ",
nrow(orquideas))
## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: 677
Datos vacíos en species
orquideas <-
orquideas %>%
dplyr::filter(!is.na(species) &
species != "")
Registros con valor de “Área Marina de Manejo” o “Área Marina Protegida” en desripcio
asp <-
asp %>%
dplyr::filter(!is.na(descripcio) &
descripcio != "Area Marina de Manejo" &
descripcio != "Area marina protegida"
)
Mapa
## Registros ASP
asp_registros <-
asp %>%
st_make_valid() %>%
st_join(orquideas) %>%
group_by(nombre_asp) %>%
summarize(species = n())
st_crs(asp_registros) = 4326
## Paleta de colores
paleta_species <- colorNumeric(palette = "GnBu",
domain = asp_registros$species,
na.color = "transparent")
## Leaflet
leaflet() %>%
setView(lng = -84.0, lat = 10.0, zoom = 7) %>%
addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter,
group = "CartoDB.DarkMatter") %>%
addPolygons(
data = asp_registros,
fillColor = ~ paleta_species (asp_registros$species),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste(
"<strong>ASP:</strong>",
asp_registros$nombre_asp),
paste(
"<strong>Cantidad de especies:</strong>",
asp_registros$species),
sep = '<br/>'),
group = "ASP y especies") %>%
addLayersControl(baseGroups = c("OpenStreetMap"),
overlayGroups = c("ASP y especies")) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = paleta_species,
values = asp_registros$species,
group = "ASP y especies",
title = "Número de <br>
especies<br>
de orquídeas")