Tarea 4

Cargando paquetes y datos

Paquetes

library(raster)
library(udunits2)
library(sf)
library(spData)
library(leaflet)
library(dplyr)

Datos

## Capa cantones
cantones <- st_read(
  "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
)

## Capa provincias
provincias <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

##Datos orquídeas
orquideas <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )
st_crs(orquideas) = 4326

##Datos Áreas Silvestres Protegidas
asp <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )
st_crs(asp) = 4326

Eliminación de datos

Incertidumbre alta en coordinateUncertaintyInMeters

orquideas <-
  orquideas %>%
  mutate(coordinateUncertaintyInMeters = as.numeric
         (coordinateUncertaintyInMeters))%>%
  mutate(eventDate = as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"))
cat("Cantidad original de registros: ", nrow(orquideas))

## Cantidad original de registros:  29863

orquideas <-
  orquideas %>%
  filter(coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)
cat("Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: ",
    nrow(orquideas))

## Cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:  677

Datos vacíos en species

orquideas <-
  orquideas %>%
  dplyr::filter(!is.na(species) & 
                  species != "")

Registros con valor de “Área Marina de Manejo” o “Área Marina Protegida” en desripcio

asp <-
  asp %>%
  dplyr::filter(!is.na(descripcio) & 
                  descripcio != "Area Marina de Manejo" & 
                  descripcio != "Area marina protegida"
                )

Mapa

## Registros ASP
asp_registros <-
  asp %>%
  st_make_valid() %>%
  st_join(orquideas) %>%
  group_by(nombre_asp) %>%
  summarize(species = n())

st_crs(asp_registros) = 4326

## Paleta de colores
paleta_species <- colorNumeric(palette = "GnBu",
                               domain = asp_registros$species,
                               na.color = "transparent")

## Leaflet
leaflet() %>%
  setView(lng = -84.0, lat = 10.0, zoom = 7) %>%
  addProviderTiles(providers$CartoDB.DarkMatter, 
                   group = "CartoDB.DarkMatter") %>%
  addPolygons(
    data = asp_registros,
    fillColor = ~ paleta_species (asp_registros$species),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste(
        "<strong>ASP:</strong>",
        asp_registros$nombre_asp),
      paste(
        "<strong>Cantidad de especies:</strong>",
        asp_registros$species),
      sep = '<br/>'),
    group = "ASP y especies") %>%
  addLayersControl(baseGroups = c("OpenStreetMap"),
                   overlayGroups = c("ASP y especies")) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = paleta_species,
    values = asp_registros$species,
    group = "ASP y especies",
    title = "Número de <br>
    especies<br>
    de orquídeas")